ARRAYS DE DNA Y RNA

En los últimos años se ha evidenciado la importancia de un gran número de genes en la biología del cáncer. Para evaluar el significado clínico de determinados genes con potencial tumoral se requiere examinar un número muy elevado de tumores primarios bien caracterizados.

En respuesta a estas necesidades se han desarrollado los "arrays de DNA y RNA", los cuales permiten analizar simultáneamente los diferentes patrones de expresión de miles de genes, proporcionándonos un fenotipo molecular capaz de crear nuevas clasificaciones de los tumores que no son posibles con los métodos inmunohistoquímicos tradicionales.

El análisis de la expresión génica representa una medida indirecta de las alteraciones genéticas en los tumores ya que, en la mayoría de los casos, estas alteraciones afectan a vías de regulación génica. 

¿ QUÉ SON LOS "TISSUE ARRAYS"?

Los "tissue arrays" son muestras de ácidos nucleicos de alta densidad (generalmente cDNA u oligonucleótidos), que se imprimen mediante un sistema robótico en áreas muy pequeñas de un determinado sustrato (o "chips"), que suelen ser láminas de cristal o filtros de membrana, donde posteriormente son inmovilizados.

El "microarray" resultante es posteriormente hibridado con una mezcla compleja de ácidos nucleicos marcados con fluorescencia obtenidos de una fuente deseada. Tras la hibridación los marcadores fluorescentes se detectan mediante un scanner de alta resolución. De esta forma se obtiene un patrón de expresión génica de la muestra experimental que puede ser luego comparada con una muestra control determinada para diferentes análisis.

Los "tissue arrays" son muestras de ácidos nucleicos de alta densidad (generalmente cDNA u oligonucleótidos), que se imprimen mediante un sistema robótico en áreas muy pequeñas de un determinado sustrato (o "chips"), que suelen ser láminas de cristal o filtros de membrana, donde posteriormente son inmovilizados. El "microarray" resultante es posteriormente hibridado con una mezcla compleja de ácidos nucleicos marcados con fluorescencia obtenidos de una fuente deseada. Tras la hibridación los marcadores fluorescentes se detectan mediante un scanner de alta resolución. De esta forma se obtiene un patrón de expresión génica de la muestra experimental que puede ser luego comparada con una muestra control determinada para diferentes análisis.

¿CÓMO REALIZAR UN MICROARRAY?

Existen seis pasos básicos para la realización de un array de DNA.

1. Procesamiento de clones de cDNA para generar material preparado para la impresión.
2. Impresión de clones de cDNA (u oligonucleótidos).
3. Aislamiento de la muestra de RNA (RNA total o mRNA).
4. Preparación de la sonda
5. Hibridación de la sonda etiquetado de DNA al DNA dispuesto en el sustrato.
6. Obtención de la imagen de los resultados de la hibridación y análisis de las imágenes.

APLICACIONES DE LOS ARRAYS DE DNA

Los arrays de DNA o RNA ("tissue microarrays") pueden ser utilizados para varios análisis que también es posible realizar en tejido normal, incluyendo inmunohistouímica, FISH (hibridación con fluorescencia "in situ") e hibridación "in situ" de mRNA. En general, se usa la misma hibridación y los mismos protocolos de fijación. Más aún, el grosor de los cortes par "tissue arrays" se puede variar en función de la cuestión analizada en un estudio particular.

Virtualmente todos los tipos de tejido pueden ser convertidos a un formato de microarray, por lo que el potencial de aplicación de aplicación de esta técnica se extiende a todos los campos de análisis microscópicos de tejidos y células.

Desde el punto de vista oncológico los "tissue microarrays" suponen facilitar a investigadores básicos la extensión de estudios "in vitro" de genes, proteínas y rutas de señalización al contexto "in vivo". Esto significa el acceso a tejidos altamente caracterizados que, en manos de patólogos expertos, pueden contener importante información clínico-patológica, demográfica o incluso de supervivencia y tratamiento. Existen diferentes categorías de "tissue microarrays" en función de sus aplicaciones:

                TISSUE MICROARRAYS MULTI-TUMOR

                TISSUE MICROARRAYS DE PROGRESIÓN TUMORAL

                TISSUE MICROARRAYS PRONÓSTICOS